Top 10 mejores programas de facturación para empresas

Sabemos que gestionar la facturación de una empresa no siempre es tarea fácil. Todo lo contrario. Entre la presión de cumplir con los plazos, los requisitos legales en constante cambio y la necesidad de mantener todo bajo control, es entendible que el proceso acabe generando más dolores de cabeza que resultados.

Pero la buena noticia es que hoy existen herramientas pensadas para ayudarte. Herramientas que automatizan, simplifican y, lo más importante, te ayudan a mantenerte dentro de la legalidad (sí, incluso con Verifactu a la vuelta de la esquina). Ya hablaremos de eso más adelante.

En este blog te compartimos las 10 mejores soluciones de facturación para empresas que operan en España, incluyendo funcionalidades clave, ventajas y diferencias.

Y, como siempre, lo hacemos con transparencia y con la mirada puesta en lo que realmente te importa como manager o responsable de RRHH: ahorrar tiempo, minimizar errores y garantizar el cumplimiento normativo.

¿Por qué es importante gestionar bien la facturación?

Empecemos por lo más importante: entender la importancia de una gestión eficiente de la facturación. Y no, no se trata solo de multas. Aunque la facturación puede parecer una tarea rutinaria, es uno de los pilares financieros de cualquier empresa. Una gestión deficiente puede acarrear desde errores en la declaración de impuestos hasta sanciones graves por parte de Hacienda. Aquí van algunos casos reales que hemos escuchado de nuestros clientes:

• Errores en los datos del cliente o el IVA: pueden llevar a facturas rechazadas, impagos y conflictos legales.
• Retrasos en la emisión o envío de facturas: afectan directamente al flujo de caja, dificultando la planificación financiera.
• Falta de cumplimiento normativo: con la Ley Antifraude en vigor, no estar al día con los requisitos como Verifactu puede implicar multas de hasta 50.000 €.

¿La solución? Contar con un software que te garantice control, automatización y cumplimiento legal. Y, sobre todo, paz mental. Por ejemplo, Factorial.

Factorial: facturación simple, segura y adaptada a la ley

Desde Factorial, hemos desarrollado una herramienta de facturación pensada para empresas que quieren hacerlo bien desde el principio.

Sabemos que necesitas algo más que un sistema para emitir facturas: necesitas tranquilidad. Por eso, nuestra funcionalidad de facturación no solo es intuitiva y personalizable, sino que cumple con la normativa Verifactu, enmarcada en la Ley Antifraude que entrará en vigor de forma obligatoria el 1 de julio de 2025.

Esto significa que desde ya puedes emitir facturas conforme a esta normativa, anticipándote a los cambios sin sorpresas. Nos aseguramos de que cada factura cumpla con los requisitos técnicos y legales, para que tú puedas dedicarte a lo importante: hacer crecer tu negocio y enfocarte en las personas.

Además, al estar todo centralizado en una sola plataforma —nóminas, RRHH, gastos, vacaciones y facturación— te ahorras integraciones innecesarias y reduces las chances de cometer errores. ¿Qué mejor que gestionar todo en un mismo sitio y de la mano con expertos?

Comparativa: los 10 mejores programas de facturación en España

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9 herramientas de facturación destacadas

Aparte de Factorial, estas son otras opciones interesantes si buscas solamente gestionar la facturación de tu empresa.

1. Quipu

Interesante para pymes que buscan un sistema sencillo y accesible. Permite enviar presupuestos, facturas, gestionar cobros y automatizar impuestos. Compatible con Verifactu y con conexión a bancos.

Ventajas:

• Integración bancaria y contable.
• OCR con IA + validación humana.
• Multiples integraciones con plataformas y pasarelas de pago

Desventajas:

• La interfaz puede resultar limitada para empresas con procesos más complejos.

• No integra funciones de RRHH, por lo que si buscas centralizar, necesitarás otras herramientas. Y, claro, más dinero.

• El soporte puede ser limitado en planes más económicos.

• Tiene una curva de aprendizaje inicial para adaptarse al sistema.

2. Billin

TeamSystem Facturas Billin, es una opción que se ha consolidado como una de las soluciones de facturación online más destacadas para el segmento de autónomos y pymes en España. Es gratuita para quienes solo reciben facturas y su propuesta de valor radica en su interfaz amigable con el usuario junto con el cumplimiento normativo.

Ventajas:

• Cumple con los requisitos Verifactu establecidos por la Ley Antifraude.
• Está diseñada para la factura electrónica, incluyendo FACe, TikcetBAI y la Ley Crea y Crece.
• Seguimiento de pagos en tiempo real para visualizar el estado de cada factura.
• OCR integrado para digitalizar gastos fácilmente.
• Permite colaboración con gestor o asesor directamente.
• Es compatible con versiones móvil.
• Cuenta con 3 años gratis con el Kit Digital.

Desventajas:

• La versión gratuita tiene funcionalidades limitadas que pueden ser resueltas con su versión de pago.

• Su enfoque es principalmente en la gestión de facturación, por lo que pasa a una segunda opción si se busca una herramienta para integrar todas las gestiones de RRHH.

• Los informes financieros no tienen opciones avanzadas de personalización.

• El programa está pensado para autónomos y micropymes, por lo que puede quedarse corto para empresas medianas o con necesidades más complejas.

3. Sage 50cloud

Una solución con potencial y más tradicional que cuenta contabilidad integrada, pensada para empresas medianas que necesitan una solución de facturación completa.

Ventajas:

• Integración total con Microsoft Office 365 y almacenamiento en la nube.

• Ideal para pymes que gestionan contabilidad, facturación e inventario desde una sola plataforma.

• Cumple con la Ley Antifraude y los estándares de facturación electrónica.

• Potentes funciones de reporting financiero y analítica en tiempo real.

Desventajas:

• Requiere curva de aprendizaje significativa y formación para su uso eficaz.

• Es una solución más costosa que otras opciones del mercado.

• Su instalación puede requerir soporte técnico especializado, no es 100% cloud.

4. Contasimple

Muy popular entre autónomos y asesorías por su facilidad para generar facturas, controlar IVA e IRPF y llevar libros contables.

Ventajas:

• Posibilita la contabilidad obligatoria de autónomos
• Proporciona informes financieros y herramientas de análisis de datos.
• Funcionalidad de rellenar los modelos de la Agencia Tributaria
• Integración con otros sistemas

Desventajas:

• La versión gratuita limita mucho las funcionalidades, lo que se traduce en una desventaja para empresas que crecen rápido.

• No tiene integración nativa con sistemas de RRHH o nóminas.

• La atención al cliente puede ser lenta en algunos casos.

5. Debitoor

Pensado para autónomos y freelancers con una interfaz sencilla y un flujo rápido para emitir facturas y gestionar gastos.

Ventajas:

• Interfaz muy intuitiva y moderna, ideal para autónomos y freelancers.

• Permite crear facturas profesionales en segundos y enviarlas por email o enlace.

• Incluye seguimiento de pagos y control de gastos sencillo.

Desventajas:

• No está adaptado a Verifactu, por lo que puede presentar riesgos legales próximamente.

• No ofrece funcionalidades avanzadas de gestión empresarial.

• Capacidad limitada para gestionar equipos o facturación compleja.

6. Holded

ERP (Enterprise Resource Planning) ligero con módulo de facturación, interesante para startups que buscan controlar además proyectos, inventario y CRM.

Ventajas:

• Plataforma todo en uno: facturación, contabilidad, CRM, proyectos e inventario.

• Integración con bancos, Shopify, Amazon, WooCommerce y PayPal.

• Automatiza tareas contables y fiscales, reduciendo errores humanos.

• Dashboard visual y potente analítica de negocio.

Desventajas:

• Es complejo para pequeñas empresas que solo buscan facturación básica.

• Algunas funcionalidades avanzadas requieren planes de pago más caros.

• La curva de aprendizaje es más alta que en herramientas puramente de facturación.

7. FacturaDirecta

Sencillo, claro y con buena atención al cliente. Adaptado a Verifactu y fácil de usar para pequeñas empresas.

Ventajas:

• Diseñado especialmente para autónomos y pequeñas empresas.

• Permite crear y enviar facturas en segundos, con control de cobros y gastos.

• Totalmente adaptado a Verifactu y TicketBAI.

• Ofrece contabilidad integrada sin necesidad de conocimientos técnicos.

Desventajas:

• No tiene integración con sistemas de RRHH, por lo que la gestión está fragmentada.

• Las funcionalidades de personalización de facturas son limitadas.

• Algunos usuarios reportan limitaciones en la gestión de informes y analíticas.

8. Anfix

Enfocado en la relación con gestorías, permite escanear tickets y generar facturas automáticamente.

Ventajas:

• Software de facturación y contabilidad en la nube y en tiempo real.

• Automatiza la conciliación bancaria y la presentación de impuestos.

• Compatible con asesorías externas: permite trabajo colaborativo con el gestor.

• Cumple con Ley Crea y Crece, Verifactu y factura electrónica.

Desventajas:

• La interfaz es poco intuitiva para usuarios no familiarizados con programas contables.

• El coste es bastante alto para pequeñas empresas o autónomos.

• Algunas funcionalidades solo están disponibles en planes avanzados.

9. Alegra

Muy popular en Latinoamérica y con presencia creciente en España, es amigable y ofrece funcionalidades básicas de facturación.

Ventajas:

• Muy popular en España y Latinoamérica.

• Facturación electrónica homologada en varios países.

• Incluye módulos de inventario, CRM, gastos y reportes.

Desventajas:

• No está adaptada a la normativa Verifactu, lo que implica un riesgo legal alto.

• El soporte y actualizaciones son poco ágiles, ya que no está enfocada al mercado español.

• Funcionalidades limitadas en gestión avanzada de impuestos o reportes.

📌 Te puede interesar: Automatización de facturas de proveedores: qué es y cómo hacerlo

¿Qué implica no cumplir con Verifactu y la Ley Antifraude?

La Ley Antifraude, en vigor desde 2021, exige que los sistemas de facturación no permitan la manipulación de datos y que registren todas las operaciones de forma segura y verificable. Dentro de esta ley se enmarca Verifactu, que será obligatorio a partir del 1 de julio de 2025 para todas las empresas y autónomos que emitan facturas electrónicas.

¿Qué pasa si no lo cumples? Multas de hasta 50.000 €, inhabilitación para subvenciones y, lo que es peor, pérdida de confianza por parte de clientes o socios. En otras palabras: no es algo que quieras dejar para último momento o «ir viendo».

Contar con una solución que ya esté adaptada y que automatice este cumplimiento es clave. Más que una ventaja, es una necesidad.

📌 Si quieres profundizar en este tema, descarga gratis nuestra: Guía para cumplir con la nueva Ley Antifraude

Paz mental con una facturación bien hecha

Si has llegado hasta aquí, ya sabes que la facturación no es solo un trámite administrativo. Es un reflejo de la salud y la organización de tu empresa. Una herramienta adecuada puede ayudarte a ganar tiempo, evitar errores, cumplir con la ley y —algo no menor— poner la cabeza en la almohada con la calma de saber que tu facturación está bien hecha.

En Factorial te acompañamos para que todo eso sea posible desde un solo lugar. Sin saltar entre plataformas. Sin complicaciones. Sin poner en riesgo tu cumplimiento legal. Porque sabemos que cuando simplificas procesos, no solo ahorras tiempo: también ganas claridad para tomar mejores decisiones.

Y si aún no lo has probado, este puede ser el momento perfecto para hacerlo. Se acercan los cambios con la Ley Verifactu y definitivamente no hay tiempo que perder.

Descubre cómo podemos automatizar tu trabajo para que tengas tiempo y paz para tu verdadero trabajo.

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Aviso:

La información presentada en esta página se basa en fuentes públicas, en particular en los sitios web, centros de ayuda y páginas públicas de los respectivos proveedores. Las comparaciones entre Factorial y otros proveedores tienen como único objetivo ilustrar las características, precios y funcionalidades del software. Toda la información sobre funciones, precios e integraciones está sujeta a cambios sin previo aviso. Factorial no se hace responsable de la exactitud, integridad o actualidad de la información proporcionada. Recomendamos ponerse en contacto directamente con los respectivos proveedores para obtener la información más precisa y actualizada. Cumplimos plenamente con todas las disposiciones legales de la normativa española en materia de competencia y publicidad. Si tienes alguna pregunta, no dudes en ponerte en contacto con nosotros. Las comparaciones presentadas no constituyen una evaluación o recomendación definitiva de ningún proveedor, sino que tienen únicamente fines informativos.