Factorial HR es el mejor programa de facturación integral para pymes que buscan unificar la gestión de gastos, RR. HH. y nóminas en una sola plataforma. Cumple con Verifactu y automatiza procesos clave para reducir errores. Para otras necesidades, destacan Holded como ERP ligero para startups, Quipu por su sencillez para autónomos y Billin por su plan gratuito para recibir facturas.
- Mejor para gestión todo en uno: Factorial HR
- Mejor para startups y pymes digitales: Holded
- Mejor para autónomos y micropymes: Quipu
- Mejor opción gratuita (básica): Billin
Resumen rápido de los mejores programas de facturación
| Necesidad | Mejor opción | ¿Por qué? |
|---|---|---|
| Gestión integral (RR. HH. + Finanzas) | Factorial HR | Unifica nóminas, gastos y facturación en una sola plataforma nativa. |
| Autónomos y micropymes | Quipu | Interfaz muy sencilla, pensada para no contables, y precio de entrada asequible. |
| Startups que necesitan un ERP | Holded | Combina facturación, CRM, inventario y proyectos en una solución todo en uno. |
| Solo recibir facturas (gratis) | Billin | Ofrece un plan gratuito funcional para la recepción y almacenamiento de facturas. |
Comparativa de los mejores programas de facturación
| Software | Ideal para | Cumplimiento Verifactu | Integración RR. HH. | Precio inicial |
|---|---|---|---|---|
| Factorial HR | Pymes que buscan una gestión integral | Sí, certificado por la AEAT | Nativa (nóminas, gastos, control horario) | 5,5 €/empleado/mes |
| Holded | Startups y pymes digitales | Sí, incluido en todos los planes | Módulo básico de RR. HH. | 14,50 €/mes |
| Quipu | Autónomos y micropymes | Sí | No | 8,5 €/mes |
| Billin | Freelancers y micropymes | Sí (FACe, TicketBAI, Crea y Crece) | No | Gratis (para recibir facturas) |
| Sage 50cloud | Empresas medianas con contabilidad interna | Sí | No | A consultar |
| Contasimple | Autónomos y asesorías | Sí | No | Plan gratuito disponible |
| Anfix | Pymes que colaboran con una gestoría | Sí | No | A consultar |
| FacturaDirecta | Autónomos y pequeñas empresas | Sí (y TicketBAI) | No | A consultar |
1. Factorial HR

Factorial HR es una plataforma todo en uno que centraliza la facturación, la gestión de gastos, las nóminas y todos los procesos de RR. HH. en un único entorno. Su principal ventaja competitiva es la integración nativa entre las finanzas y la gestión de personas, lo que elimina la necesidad de usar múltiples herramientas y reduce el riesgo de errores manuales. Está diseñado para pymes y empresas medianas que buscan escalar sus operaciones de forma ordenada y cumpliendo con la normativa española.
- Funcionalidades clave:
- Emisión de facturas con sistema Verifactu certificado por la AEAT.
- Centralización de nóminas, gastos, vacaciones y facturación.
- Custodia digital de facturas durante cinco años.
- Informes y respuestas automáticas con la IA de Factorial.
- Pros:
- Muy valorado por su facilidad de uso y su interfaz intuitiva, según usuarios de G2.
- Automatización completa del ciclo de gastos, desde el reporte hasta la contabilidad.
- Contras:
- El módulo de facturación está pensado para empresas que ya gestionan sus RR. HH. en la plataforma, puede estar sobredimensionado para quien solo necesita facturar.
- Algunos usuarios en Capterra y G2 señalan que el soporte puede ser más lento tras el rápido crecimiento de la empresa.
- Para quién: Pymes y medianas empresas (10-500 empleados) que quieren una solución integral para RR. HH. y finanzas.
- Veredicto: La mejor opción para empresas que buscan eficiencia y control total, unificando procesos que tradicionalmente están separados y garantizando el cumplimiento normativo sin esfuerzo.
2. Holded
Holded es un ERP (Enterprise Resource Planning) en la nube diseñado para pymes y startups digitales. Combina en una sola herramienta la facturación, contabilidad, CRM, gestión de inventario y proyectos. Su enfoque todo en uno lo hace atractivo para empresas que quieren gestionar la mayoría de sus operaciones desde un único lugar.
- Funcionalidades clave:
- Cumplimiento Verifactu incluido en todos sus planes.
- Contabilidad de partida doble y generación de modelos fiscales españoles (303, 349, 390).
- Integraciones con plataformas de eCommerce como Shopify y Amazon, y pasarelas de pago como Stripe y PayPal.
- Pros:
- Plataforma muy completa que cubre facturación, CRM, inventario y proyectos.
- El sistema Verifactu no tiene un coste adicional.
- Contras:
- El precio se eleva considerablemente al pasar a planes superiores, lo que puede ser un obstáculo para pymes pequeñas.
- Algunos usuarios critican la lentitud del soporte técnico para resolver incidencias urgentes.
- Precio: Desde 14,50 €/mes.
- Para quién: Startups y pymes con un perfil digital que necesitan una solución ERP completa.
- Veredicto: Una opción potente y versátil para empresas que necesitan más que un simple programa de facturación y buscan integrar sus operaciones comerciales y financieras.
3. Quipu
Quipu es un software de facturación especializado en autónomos y pymes, enfocado en la simplicidad y la automatización. Su objetivo es facilitar la gestión financiera a usuarios sin conocimientos contables, automatizando la creación de facturas, la conciliación bancaria y la preparación de modelos fiscales.
- Funcionalidades clave:
- Facturación homologada y digitalización de tickets mediante IA.
- Conexión automática con entidades bancarias para la conciliación.
- Generación automática de modelos de impuestos.
- Pros:
- Interfaz muy accesible y fácil de usar, ideal para principiantes.
- Precio de entrada muy competitivo.
- Contras:
- Capacidad de personalización y escalabilidad limitadas para empresas en crecimiento.
- No dispone de integración nativa con sistemas de nóminas o RR. HH.
- Para quién: Autónomos, freelancers y micropymes.
- Veredicto: Una excelente herramienta de inicio para profesionales y pequeñas empresas que necesitan una solución de facturación sencilla, económica y que les ayude con los impuestos.
4. Billin
Billin, ahora parte de TeamSystem, es una solución de facturación online muy popular entre autónomos y micropymes en España. Su propuesta de valor se centra en una interfaz amigable y un estricto cumplimiento de la normativa de facturación, incluyendo Verifactu y la Ley Crea y Crece.
- Funcionalidades clave:
- Cumplimiento con Verifactu, FACe, TicketBAI y la Ley Crea y Crece.
- Digitalización de gastos con tecnología OCR integrada.
- Seguimiento de pagos en tiempo real.
- Pros:
- Ofrece un plan gratuito funcional para usuarios que solo necesitan recibir y almacenar facturas.
- Permite la colaboración directa con la gestoría desde la propia plataforma.
- Contras:
- No es una solución escalable para empresas medianas o con necesidades complejas.
- Las opciones de personalización de informes financieros son limitadas.
- Precio: Plan gratuito para recepción de facturas. Planes de pago con funcionalidades ampliadas.
- Para quién: Autónomos, freelancers y micropymes.
- Veredicto: Ideal para quienes empiezan o tienen un volumen de facturación bajo, especialmente por su plan gratuito y su enfoque en el cumplimiento normativo español.
5. Sage 50cloud
Sage 50cloud es una solución de contabilidad y facturación consolidada, dirigida a pymes y empresas medianas que requieren un control financiero robusto. Combina la fiabilidad de un software de escritorio con la flexibilidad de la nube, gracias a su integración con Microsoft 365.
- Funcionalidades clave:
- Gestión avanzada de contabilidad, facturación e inventario.
- Integración completa con Microsoft 365.
- Potentes herramientas de reporting y análisis financiero.
- Pros:
- Sistema muy completo y fiable, con una larga trayectoria en el mercado.
- Funcionalidades avanzadas de control de inventario y tesorería.
- Contras:
- Requiere una curva de aprendizaje significativa y, a menudo, formación específica.
- El coste de implantación y licencia es más elevado que el de las alternativas nativas en la nube.
- Precio: A consultar con un distribuidor.
- Para quién: Pymes y empresas medianas con un departamento contable propio.
- Veredicto: Una solución potente para empresas que necesitan una herramienta contable tradicional y completa, pero puede resultar compleja y costosa para negocios más pequeños o ágiles.
6. Contasimple
Contasimple es una herramienta diseñada específicamente para autónomos y pequeñas asesorías. Su principal atractivo es la facilidad para generar facturas, controlar los impuestos (IVA e IRPF) y llevar los libros contables obligatorios de forma sencilla y sin complicaciones.
- Funcionalidades clave:
- Generación automática de los modelos de la Agencia Tributaria.
- Informes financieros básicos y herramientas de análisis.
- Integración con sistemas externos a través de su API.
- Pros:
- Curva de aprendizaje muy baja, pensada para usuarios sin formación contable.
- Planes de precios accesibles para profesionales independientes.
- Contras:
- La versión gratuita tiene funcionalidades muy limitadas, lo que obliga a contratar un plan de pago rápidamente.
- Carece de integración nativa con plataformas de RR. HH. o nóminas.
- Precio: Dispone de un plan gratuito limitado y planes de pago.
- Para quién: Autónomos y pequeñas asesorías.
- Veredicto: Una opción práctica y económica para autónomos que quieren llevar su propia contabilidad y presentar sus impuestos sin depender constantemente de un gestor.
7. Anfix
Anfix es un software de facturación y contabilidad en la nube que destaca por su enfoque en la colaboración entre la empresa y su gestoría. Permite que ambos trabajen en tiempo real sobre los mismos datos, automatizando la conciliación bancaria y la presentación de impuestos.
- Funcionalidades clave:
- Contabilidad y facturación en tiempo real.
- Plataforma colaborativa para trabajar directamente con el asesor.
- Cumplimiento con la Ley Crea y Crece, Verifactu y la factura electrónica.
- Pros:
- El flujo de trabajo colaborativo entre empresa y asesoría está muy bien resuelto.
- Garantiza un cumplimiento normativo completo y actualizado.
- Contras:
- La interfaz puede resultar poco intuitiva para usuarios no familiarizados con programas contables.
- Su coste es relativamente alto para autónomos o empresas muy pequeñas.
- Precio: A consultar en su web.
- Para quién: Pymes que trabajan estrechamente con una gestoría externa.
- Veredicto: La herramienta perfecta para empresas que han externalizado su contabilidad pero quieren mantener el control y la visibilidad de sus finanzas en tiempo real.
8. FacturaDirecta
FacturaDirecta es una solución que prioriza la simplicidad y la facilidad de uso. Está diseñada para autónomos y pequeñas empresas que necesitan crear y enviar facturas de forma rápida y sin complicaciones, manteniendo un control básico sobre cobros y gastos.
- Funcionalidades clave:
- Creación y envío de facturas en pocos clics.
- Adaptado a la normativa Verifactu y TicketBAI.
- Contabilidad integrada básica que no requiere conocimientos técnicos.
- Pros:
- Interfaz extremadamente sencilla, sin curva de aprendizaje.
- El soporte al cliente es uno de sus puntos fuertes, valorado positivamente por los usuarios.
- Contras:
- No se integra con sistemas de RR. HH. lo que mantiene la gestión administrativa fragmentada.
- Las opciones para personalizar facturas e informes son bastante limitadas.
- Precio: A consultar en su web.
- Para quién: Autónomos y pequeñas empresas que buscan máxima sencillez.
- Veredicto: Una opción sólida para quienes valoran la simplicidad por encima de todo y solo necesitan una herramienta para emitir facturas y cumplir con la ley.
Cómo elegir un programa de facturación
Elegir la herramienta adecuada es clave para optimizar tu gestión financiera y garantizar el cumplimiento legal. Considera estos criterios antes de decidirte:
- Gestión integral vs. solo facturación: Evalúa si necesitas una solución que unifique facturación, gastos, nóminas y RR. HH. como Factorial para evitar usar múltiples sistemas, o si una herramienta específica como Quipu es suficiente.
- Cumplimiento normativo (Verifactu): Es un requisito no negociable. Asegúrate de que el software no solo sea compatible, sino que esté certificado por la AEAT y se actualice constantemente para cumplir con la Ley Antifraude y la Ley Crea y Crece.
- Coste total y escalabilidad: Analiza el precio en función del número de usuarios, el volumen de facturas y los módulos que necesitas. Un precio inicial bajo puede esconder costes adicionales a medida que tu empresa crece.
- Soporte técnico en español: Un buen soporte es fundamental para resolver dudas sobre la normativa local o problemas técnicos. Prioriza proveedores con equipos de soporte ubicados en España.
- Integraciones clave: Comprueba si el programa se integra con tus bancos, tu plataforma de eCommerce (Shopify, WooCommerce) o tu ERP para automatizar flujos de trabajo y evitar la entrada manual de datos.
- Usabilidad y prueba gratuita: La mejor forma de saber si una herramienta es para ti es usarla. Aprovecha las demos y los periodos de prueba gratuitos para evaluar si la interfaz es intuitiva para ti y tu equipo.
Qué programa de facturación conviene según tu empresa
Para pymes
Las pymes necesitan una solución que sea potente pero fácil de gestionar. Factorial HR es ideal si buscas una gestión integral que conecte la facturación con los gastos de los empleados y las nóminas. Si ya usas un ERP o prefieres una solución modular, Holded ofrece un buen equilibrio entre funcionalidades y precio.
Para empresas medianas
Las empresas medianas requieren herramientas más robustas con capacidades de reporting avanzado y control de procesos. Factorial HR escala perfectamente para gestionar equipos de hasta 500 personas, manteniendo todo centralizado. Para empresas con un departamento contable consolidado que necesiten funciones financieras muy específicas, Sage 50cloud es una alternativa tradicional y potente.
Para empresas con equipos en remoto
La gestión de gastos y la aprobación de facturas se complican en entornos remotos. Factorial HR soluciona este problema al permitir que los empleados reporten gastos desde el móvil, que se aprueben digitalmente y se vinculen directamente a la contabilidad y las nóminas, todo en la misma plataforma.
Para empresas que buscan máxima automatización
Si tu objetivo es reducir al máximo las tareas manuales, busca herramientas con flujos de trabajo automatizados. Factorial HR utiliza la IA para categorizar gastos y generar informes, mientras que Holded destaca por sus integraciones automáticas con bancos y plataformas de comercio electrónico.
Comparativa de precios y planes
| Software | Plan Básico | Plan Intermedio | Ideal para (en términos de precio) |
|---|---|---|---|
| Factorial HR | Desde 5,5 €/empleado/mes | Planes Business y Custom (a consultar) | Empresas en crecimiento que valoran la gestión integral. |
| Holded | 14,50 €/mes | 33,25 €/mes (Standard) | Startups que pueden asumir una inversión creciente. |
| Quipu | 8,5 €/mes | 20 €/mes (Business) | Autónomos y micropymes con un presupuesto ajustado. |
| Billin | Gratis (recepción) | 10 €/mes (Pro) | Freelancers y profesionales que están empezando. |
| Sage 50cloud | A consultar | A consultar | Empresas con presupuesto para soluciones robustas y personalizadas. |


